Das RKI ist die zentrale Einrichtung des Bundes im Bereich der Öffentlichen Gesundheit und das nationale Public-Health-Institut. Es bewertet, analysiert und erforscht dabei Krankheiten von hoher Gefährlichkeit, weitem Verbreitungsgrad oder großer öffentlicher oder gesundheitspolitischer Bedeutung. Stichworte sind zum Beispiel HIV/AIDS, Influenza, Krebs und Allergien. Im Hinblick auf das Erkennen neuer gesundheitlicher Risiken nimmt das RKI eine "Antennenfunktion" im Sinne eines Frühwarnsystems wahr. Beim Robert Koch-Institut sind mehrere wissenschaftliche Kommissionen angesiedelt, zum Beispiel die Ständige Impfkommission, die Impfempfehlungen erarbeitet. Außerdem ist es verantwortlich für die inhaltliche Bearbeitung und Koordinierung der Gesundheitsberichterstattung des Bundes und für die Genehmigung von Import und Verwendung humaner embryonaler Stammzellen.